相传当时有一乡妇怀孕得病，一到中午就痛苦不堪，泪流不止，很多医生束手无策。陈自明知道后遣人告诉其家属：这是内脏燥热引起的，应用大枣汤治。病人家属不信，请人查证医书，正如陈自明所说，用此方一剂病就好了。成年后，医术精进，名扬四方。

陈自明的医疗思想非常积极，他认为“世无难治之病，有不善治之医;药无难代之品，有不善代之人”。他的医德非常高尚，治病不论贫富，一视同仁，随到随诊，对特殊困难者，不取分文。对于一些贪人钱财的庸医，斥为“用心不良”。当时有的医生得到一两个验方，便秘不外传，有的还将常用的验方改头换面当做祖传秘方，予以炫耀。陈自明十分反对这样做，将自已家传的许多验方揉合于上述两书中，公之于世，因而深为人们所称道。他在《外科精要》自序中说：“仆三世学医，家藏医书若干卷，既又遍行东南，所至必尽索方书以观，暇时闭关静室，翻阅涵泳，究及末合”。于医学理论加以深刻探讨，对中医妇科与外科进行了精深的研究和全面的总结，著有《管见大全良方》(已佚，仅在《医方类聚》一书中存有散在内容)、《妇人大全良方》、《外科精要》等。是我国医学史上一位杰出的妇产科专家。

陈自明总结了宋以前妇科学的研究成果，并结合自已的临床实践，阐发了妇科疾病的病因病机，颇具特色，对后世妇科学的发展很有影响。明代王肯堂著《女科准绳》、武之望著《济阴纲目》均受其不少的影响。对于外科痈疽的治疗，他从病因、病机、辨证、治疗到预后，均作了较为系统的论述。其中，强调整体治疗，注重阴阳分证，注意保护脾胃，主张内外合治，是其主要成就，颇受后世医家的赞赏。如汪机著《外科理例》，王肯堂著《疡医准绳》，均大量采录陈氏之说，可见其影响之大。